微生物资源研究室主要研究方向：一是低温、高温、盐碱、干旱、辐射等特殊生境微生物资源收集、整理、保藏及微生物新种鉴定等基础研究。二是各类特殊环境微生物功能产物、功能基因发掘等应用基础研究。

研究室现有科研人员10名，其中研究员4人，副研究员3人，助理研究员3人；博士3名，硕士7名。设有 “特殊环境微生物菌种资源挖掘与利用”研究团队与“特殊环境微生物功能基因与产物挖掘”两个研究团队。

近年来承担了国家“863”项目、国家农业部公益项目、国家农业部转基因专项、国家自然科学基金等国家、自治区各类科研项目10余项，科研经费近两千万。发表学术论文70余篇，其中SCI文章20余篇，申请获得国家发明专利20余项，获得国际先进水平鉴定成果2项，其中“中国高辐射污染区耐辐射微生物资源挖掘与研究”获得自治区科技进步二等奖。

未来本研究室将以国民经济和产业发展的重大需求为导向，围绕新疆特殊环境微生物资源挖掘与利用，开展有益微生物资源的收集与保藏，特殊环境微生物新种、属的定向筛选和鉴定，特殊环境微生物功能基因与功能产物挖掘和应用等研究，为绿色农业生产、生态环境修复、生物医药和食品加工等提供新技术和新产品。