近日，中心甜瓜栽培生理团队在园艺学科TOP期刊《Scientia Horticulturae》（JCR1区、中科院2区，IF=4.3）上在线发表了题为“Mechanisms governing melon fruit skin pigmentation: Insights from transcriptome sequencing and whole-genome bisulfite sequencing analyses”的研究论文。

甜瓜（Cucumis meloL.，2n = 24）属于葫芦科，是一种具有重要经济价值的作物。果皮颜色是影响甜瓜果实商业价值和消费者偏好的关键品质性状，但控制甜瓜果实果皮色素沉着的机制仍未得到充分表征。

作者对不同发育阶段的两个近等基因系（NIL）—绿皮（GS）和白皮（WS）甜瓜进行了细胞学、转录组学和全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）比较分析。研究发现叶绿素代谢和叶绿体发育受阻使得WS果皮变白。WGBS分析显示，随着果实的发育，WS的基因组DNA甲基化水平逐渐超过GS的基因组DNA甲基化水平。转录组和甲基化组的综合分析鉴定出4个参与叶绿素代谢的DMR相关DEG（CHLI、CRD1、PORA和HCAR）。其中，PORA在WS果实中2个发育阶段均表现出下调表达和高甲基化，并与WS和GS果实中叶绿素含量协调表达。此外，作者还鉴定出一个转录因子（COL6），该基因与三个发育阶段的两个NILs中PORA表达和叶绿素水平密切相关。文章指出PORA正向调节两个NILs中的叶绿素生物合成，其表达可能受DNA甲基化和转录因子的共同调控。该研究结果揭示了甜瓜果皮颜色变化的分子机制，为叶绿素生物合成的调控机制提供了新的见解。

吴婷助理研究员为论文第一作者，杨永副研究员和胡国智研究员为该论文的共同通讯作者，哈密瓜研究中心为论文第一完成单位，该研究得到新疆农业科院青年科技骨干创新能力培养项目（xjnkq-2023033）、国家西甜瓜产业体系（CARS-25）、新疆自治区重点研发计划项目（2023B02017-3）和新疆现代农业产业技术体系专项资金（XJARS-06）资助。

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